Para estudo e acompanhamento aprofundado de assuntos específicos, a FENAREG accionou a criação de comissões especializadas. O funcionamento das Comissões é de periodicidade indefinida, consoante os assuntos o exijam.

Comissão Consultiva da Energia

A Comissão Consultiva da Energia é constituída pela Associação de Regantes e Beneficiários do Vale do Sorraia que preside, Associação de Beneficiários da Obra de Rega de Odivelas, Associação de Beneficiários do Mira, Associação de Beneficiários do Vale do Sado e Associação de Beneficiários do Lucefecit.

A Comissão e o Grupo de Trabalho (integrado pelas Associações Lezíria, Lucefecit, Roxo e ABORO), criado no seio desta, desenvolvem esforços para aumentar a capacidade de negociação e analisam soluções para reduzir os custos e os consumos energéticos no regadio em geral e nos Aproveitamentos Hidroagrícolas, em particular.

Comissão Consultiva do Ambiente

A Comissão Consultiva do Ambiente é constituída pela Associação de Beneficiários do Mira que preside, Associação de Beneficiários do Vale do Sado, Associação de Beneficiários do Lucefecit e Associação de Beneficiários da Lezíria Grande de Vila Franca de Xira.

A Comissão foi criada para debater assuntos relacionados com o ambiente e a água, promover medidas de uso eficiente da água e a implementação de soluções ambientalmente sustentáveis.

Grupo de Trabalho dos Conselhos de Região Hidrográfica

Esta estrutura visa a coordenação da participação das Associações de Regantes nos Conselhos das várias Regiões Hidrográficas, orientar e fundamentar os assuntos a tratar nos Conselhos.

Grupo de Trabalho da Contabilidade

Visa o acompanhamento e esclarecimento aos associados sobre as novas exigências contabilísticas. É constituído pelo Eng. Ilídio Martins da ARBCAS e Vice-presidente da FENAREG, a Dra. Teresa Tomaz, Técnica Oficial de Contas (TOC) da FENAREG e da ARBVS, Nuno Dias, Chefe dos Serviços Administrativos da ARBVS, Dra. Alexandra Belchior, TOC e Chefe dos Serviços Administrativos da ABMira, Dra. Maria Graça Bessa, TOC e Chefe dos Serviços Administrativos da ABOFHBMondego e a Dra. Maria da Luz Silva, TOC e Chefe dos Serviços Administrativos da ARBCAS.

Este Grupo constitui também uma plataforma para colocar em diálogo os diferentes TOC das Associações, trocar experiências e partilhar conhecimentos relativos à problemática da organização contabilística das Associações.